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Workshop sur la recherche reproductible

Publié le dans Kim Data

La KIM Data & Life Sciences organise un mini-workshop d’une demi-journée sur larecherche reproductiblelemercredi 23 juin de 9h à 12h30, en visio-conférence.

L’objectifde cet événements est desensibiliserla communauté auxenjeux de la recherche reproductible[1]en 2021 ainsi qu’auximplications sur l’organisation de nos activités de rechercheet auxavantages pour améliorer la qualité de nos travaux.

Ce mini-workshop est co-organisé par :

– l’initiative clé Muse (KIM) « Data & Life Science » et son réseau Montpellier Bio-Stats (https://groupes.renater.fr/wiki/montpellier-biostat)
– l’Institut de Science des Données de Montpellier (https://isdm.umontpellier.fr/)
– le groupe inter-direction sur la science ouverte à l’Université de Montpellier (https://bibliotheques.edu.umontpellier.fr/science-ouverte/)

L’inscription est gratuite mais obligatoireviahttps://mtp-rr2021.sciencesconf.org/

Programme prévisionnel

Introduction par Arnaud Legrand (LIG), 45 minutes : « Crise de la reproductibilité et Science ouverte »

  1. Équipe Montpellier-BioStats (MBS), 45 minutes : bonne pratiques et info utiles pour la recherche reproductible
  2. Julien Chiquet (Inrae), 15minutes : présentation de Computo, nouveau journal de la Société Française de Statistiques (SFdS), « un journal ouvert avec des contributions reproductibles »
  3. Loïc Desquilbet (École Vétérinaire Alfort), 15 minutes : reproductibilité pour la recherche en biométrie (mise en garde sur l’usage des p-values)
  4. Nicolas Barrier (IRD MARBEC), 15 minutes : retours d’expérience, gérer ses codes numériques via GitHub et Zenodo (a chaque nouvelle « release » du code, Zenodo génère automatiquement un nouveau DOI), exemplehttps://github.com/ichthyop/ichthyop
  5. Alexandre Gramfort (Inria) ou Thomas Moreau (Inria), 15 minutes : easy and reproducible optimization benchmark with Benchopt (https://benchopt.github.io/)
  6. Équipe MBS, 15 minutes : reproductibilité en R
  7. Équipe MBS, 15 minutes : reproductibilité en Python

Référence :

[1] Desquilbet, Loïc, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, et Nicolas P. Rougier. Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques. Bordeaux : Urfist de Bordeaux, 2019. ISBN : 979-10-97595-05-0 ;https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02144142ethttps://github.com/rr-france/bookrr(version web disponible en ligne)