Biologie quantitative
Axe de recherche
Biologie Quantitative
Biologie quantitative
La Biologie Quantitative a pour objectif de comprendre les principes sous-jacents de comportements biologiques complexes en termes de paramètres physiques et mathématiques. Il s’agit donc d’une approche qui concerne tous les domaines de la biologie, et qui s’appuie sur des savoir-faire technologiques tels que :
- La biologie structurale
- La biophysique et les microscopies, de la molécule unique au tissu
- La bioinformatique (structurale, génomique,…) et les biostatistiques
- La biologie des systèmes
- La modélisation moléculaire multi-échelle
Cette communauté regroupe 40 équipes de recherche réparties dans9 unités de recherche(CBS,CRBM,IGF,IGH,IGMM,IRIM,IRCM,LBN,LPHI).
La communauté Biologie Quantitative, dont les équipes sont soutenues par des financements prestigieux (ERC, ATIP-Avenir, Bettencourt-Schueller…), coordonne et/ou participe à 5 projets labellisés « Programme d’Investissements d’avenir » que sont l’Institut de Biologie Computationnelle (IBC), le projet de Bioinformatique structurale intégrative (Bip-Bip), et 3 infrastructures nationales dans les domaines de l’imagerie optique (France Bio-Imaging-FBI), de la biologie structurale (French Integrated Structural Biology Infrastructure – FRISBI) et de la chemo-informatique (ChemBioFrance). De plus, plusieurs équipes travaillant dans ce domaine sont des acteurs importants de réseaux internationaux prestigieux (Physics of Living Systems, LifeTime).
AMBLARD (IBMM)
L’équipe appartient à l’institut Carnot CHIMIE BALARD, Prof Gilles Subra, Directeur adjoint en charge de la santé, responsable de l’axe valorisation du Pole Chimie Balard.
Partenaires industriels : Zentaris, Servier, Institut Européen de biologie Cellulaire (IEB)-Unipex, Vect-Horus et Pharmaxon, Polypeptides, Sanofi Aventis Recherche Développement)
Création d’entreprises
- Société GENEPEP en 2008
- Incubation d’une start-up (Helixem) depuis octobre 2012 (prix du 16e concours national d’aide à la création d’entreprises de technologies innovantes).
CBS
Partenariats : Sanofi-Pasteur, Servier, Andor, Nosopharm
Brevets
- « Preparation of new inhibitors of cyclophilins for treatment of viral pathologies or infections »: Colliandre, L.; Ahmed-Belkacem, A.; Pawlotsky, J.-M.; Guichou, J.-F. WO 2011076784 (2011).
- « Method for treating protozoan parasitic diseases »: Serono D., Gazanion E., Vergnes B., Guichou JF, Labesse G. WO2012019772 (2012).
- « Diadenosine antibacterial compounds »: Pochet, Labesse, Assairi, Gelin, EP10290679.9/ WO 2012/090136
- « Novel pyrrolo[2,3-b]pyridine derivatives as inhibitors of the kinase ERK » Gelin M; Bessin Y. Labesse G., Cantel S; Belentova E., Lenormand P. and Guichou JF. EP 13 305424.7 (2013).
- « Method and pharmaceutical compositions for treatment of chronic intestinal pseudo-obstruction » Faure S., Santabarbara P., Labesse G., Guichou JF. EP13305144.1 (2013).
Softwares
- Serveur ProtSA for the calculation of solvent accessible surface in denatured states (Estrada et al., 2009).
- Flexible-Meccano: Software to structurally describe disordered proteins and to compute associated experimental observables (Ozenne et al, 2012).
- Plateforme ABCIS (Atelier de bio et chimie informatique structurale): http://abcis.cbs.cnrs.fr/spip/spip.php?rubrique1
Création d’entreprise : AGV Discovery (Février 2013)
BOISGUERIN (CRBM)
Partenariats
Brevets
PCT/IB2012/051665 – Cell Penetrating Peptides For Intracellular Delivery Of Molecules. Divita, G.,
Deshayes, S., Konate, K., Morris, M.C.
PCT/IB2011/051435 – Cell Penetrating Peptides For Intracellular Delivery Of Molecules. Divita, G.,
Deshayes, S., Konate, K., Morris, M.C.
PCT/US2009/061246 – Compositions and methods inhibiting the interaction of CFTR and CAL.
Cushing PR, Madden DR, Vouilleme L, Boisguerin P, Volkmer R.
PCT/EP2011/070404 – Inhibitors of apoptosis and uses thereof. Lebleu B, Nargeot J, Boisguerin P,
Barrère-Lemaire S.
PCT/US2012/063488 – Compositions and methods inhibiting the interaction of CFTR and CAL.
Cushing PR, Madden DR, Vouilleme L, Boisguerin P, Volkmer R.
COMMES (IRB, U1040 INSERM)
Partenariatavec lasociéte Acobiom, participation à la création et consultante.
- Plateforme SYNBIO3 IBISA pour la synthèse de biomolécules: responsables Gilles Subra & Jean-François Hernandez
- Plateforme technique bioimagerie
- IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®
- Plateforme PIBS IBISA/BioCampus de biologie structurale: Pôles bioinformatique, RMN, cristallographie, microscopie électronique, biophysiques
- Plateforme MARS (microscopies avancées): Méthodes de fluctuation de fluorescence, super résolution, microscopie de fluorescence en molécule unique (TIRF, FRET), microscopie à force atomique
- Plateau technique biophysique spectroscopique -CRBM: Responsable : Prisca Boisguerin / Dichroïsme circulaire, spectrofluorimétrie, Infra Rouge à Transformée de Fourier, Stopped-Flow, diffusion dynamique de la lumière et mesure de potentiel Zeta.
- Plateforme BIO2M (CHU) : Reponsable : Thérèse COMMES / La Plateforme BIO2M est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide desdonnées NGS à grande échelle (outils Open source). Elle propose une expertise des méthodes d’analysedes données de séquençage haut-débit (NGS) ainsi que des prestations de recherche pour les analyses NGS